長期重複使用針具、釀成5人感染C肝的維蓮診所案，診所固然違法，但政府管理恐有欠妥當。監察院調查報告指出，衛生局近3年針對維蓮診所的相關督考竟全數符合規定，督考恐流於形式；督考項目缺少針具使用的感染控管；健保署「目測」高齡醫師執業能力有待檢討；在醫療廢棄物處理方面，環保局列管診所比率僅1.6%，維蓮診所從未被稽查過。
針對監院指出醫療機構督考項目缺少針具使用的感染控管，疾管署感染管制科科長簡麗容回應，過去地方衛生局皆自訂督考項目，但各地方衛生局訂出的項目差異大，因此疾管署105年起為其建立督考基本原則，在感染管制方面就建議納入「確實執行衛材/器械的清潔、消毒、滅菌」。維蓮診所事件爆發後，這項建議督考項目下，再新增安全注射原則，包括同一件輸液用品不可使用於不同病人、注射針或套管皆是無菌且限單次使用等。
疾管署副署長莊人祥表示，維蓮診所案中，例行督考皆符合規定，但不預警稽查卻屢屢揪出違規，顯見這種檢查形式效果較佳，未來將請衛生局加強不預警稽查。
在判斷高齡醫師執業能力上，監院認為健保署「目測」方式過於主觀，健保署署長李伯璋回應，即使是年輕醫師也可能不具備良好的職業能力，醫療法並未限制醫師年齡，因此，健保署各分區業務組只能在與診所醫師簽約時看看他的反應、身體狀況，並且不定期訪查。維蓮診所案後，健保署動員各分區業務組，實地了解70歲以上診所醫師是否親自診療、問答反應有無異狀等，未來也會加強這類不定期訪查。
在醫療廢棄物處理方面，行政院環保護署廢棄物管理簡任視察胡明輝回應，全台約有2萬間診所，有限的稽查人力不太可能一一例行檢查，因此目前僅列管規模較大的醫療院所，包括醫院、洗腎診所、有3科別以上的診所，全台共列管970家，101至105年平均每間稽查9次以上。本案後，會檢討是否擴大稽查對象。
胡明輝說，在過去，如維蓮診所這類規模較小的院所雖未列為稽查對象，但由於診所依法跟得清運業者簽約處理醫療廢棄物，而環保單位針對清運業者也有管理規範。本案後，會檢討如何從清運業者端去強化診所依規定處理醫療廢棄物。