林清玄著作等身,曾是上個世紀80、90年代的心靈導師,但他一方面力宣佛法,卻又在與前妻還有婚姻關係的情況下外遇,離婚後數月就娶了新歡為妻,引發讀者唾棄,甚至有反應激烈的讀者燒書抗議,最後林清玄被迫淡出台灣,轉往大陸發展,開創另一片新藍海。
林清玄曾為文提及當年陪伴前妻度過罹患憂鬱症的過程,一次在過年前夕竟找不到前妻,他與兒子在空無一物的家裡找到兩包泡麵裹腹;另一篇文章則提到妻子病情嚴重,卻不肯吃藥,他展開溫情攻勢,表示「妳吞一顆藥,我就吞一顆藥」,妻子才肯吃藥,用情至深,感動許多人。
不過後來他與方淳珍交往,兩人有了愛的結晶,林清玄與前妻於1996年協議離婚,隔年再婚,竟引發婦女團體撻伐,更有婦女團體在林清玄教育文化基金會門口焚書抗議,稱他為「偽君子」。林清玄本身也因社會觀感不佳,逐漸淡出台灣,取消對外活動,近年多轉往大陸另起爐灶。
事發當時,林清玄元配的家屬無法接受,認為他的書寫充滿情義,寫的又多是談佛理的書,怎可做出如此「無情無義」的事。但也有知悉林清玄生活狀況的人表示,林總是描述修行的美好,對自己在婚姻生活承擔的苦全然不提,「也許他應該說些自己的苦衷,別人才能了解他人性的那一部分。」
林清玄在大陸成立林清玄教育文化基金會,由現任妻子方淳珍擔任執行長,開始在大陸做教育推廣工作,至今已經捐建許多希望小學包括延川小學,清淳小學等,希望發揚溫柔與愛。